Nazwa Rajkowy, niem. Raikau, ustaliła się z małymi odmianami już w XIII w. Po raz pierwszy zachodzi w dokumencie z 1224 r., w którym książę Sambor nadaje klasztorowi oliwskiemu 10 włók w Rajkowach (Raicovo). Później zachodzą nazwy jak Raycow 1235, Raichowe 1283 i Reykow 1298.
Parafię założyli cystersi oliwscy około roku 1282, gdy już posiadali całą wieś. W 1321 r. cystersi oddali parafię plebanowi Rajkowskiemu. Przez 40 lat parafia była w posiadaniu protestantów, dopiero biskup Rozrażewski zwrócił kościół katolikom 19 sierpnia 1596 r.
Pierwszy kościół, wspominany jeszcze pod koniec XVI w., zbudowany w pruski mur, uległ zniszczeniu w czasie kolejnych wojen. Obecny kościół, zbudowany za proboszczów Rówkiewicza (1705 – 1711) i Ćwiklińskiego (1711 – 1739), został konsekrowany przez sufragana włocławskiego Wojciecha Bardzinieckiego w 1721 r. Jest murowany, barokowy, z sufitem z desek i wielobocznym prezbiterium. Murowaną wieżę dobudował dopiero w 1783 r. ks. proboszcz Wawrzyniec Olszewski. Ostatnią gruntowną renowację, mianowicie hełmu i galerii wieży, przeprowadzono w 1923 r., głównie z ofiar dawniejszych parafian (emigrantów) z Chicago. Kościół stoi na zachodnim krańcu wsi na pagórku, z którego przedstawia się piękny widok na żuławy nadwiślańskie i zamek malborski.
Tytuł parafii – św. Bartłomiej, obecny jest już w XVI w.
Wśród znaczniejszych zabytków, znajdujących się w świątyni warto wymienić:
- wielki ołtarz – rzeźbiony z drzewa, w centrum którego znajduje się tabernakulum i figura św. Bartłomieja, przeniesiony z katedry pelplińskiej w 1678 r.;
- dzwon św. Bartłomieja wypisany w gotyckich literach (przed II wojną światową były trzy dzwony);
- stary zegar słoneczny (typu wertykalnego), nad dawniejszym wejściem do południowej kruchty, z 1676 roku z napisem: "Anno 1676. Sprawił wiernym, zostając kościelnym, Marcin Kofman z Rayków"
- gotycka kamienna kropielnica.
Z ważniejszych wydarzeń historycznych warto odnotować:
- w Rajkowskim Młynie, w 1378 r. mistrz krzyżacki Winrich v. Kniprode zawarł ugodę z zakonem Joannitów;
- w drugiej wojnie szwedzkiej, pod Rudnem i Rajkowami, zachodziły utarczki ze Szwedami. Poległych w czasie tych walk cystersi pochowali w katedrze pelplińskiej przed ołtarzami św. Urszuli i Św. Piotra i Pawła.